Hola Pablo.
Si es que entendí bien, digamos... Tu factura es de $100 y pagaste $30 entonces tu saldo pendiente de pago es de $70... Si después del primer pago decidieron cancelar la factura con nota de crédito entonces tu nota de crédito solo te permite aplicarla por el saldo pendiente, es decir, tu nota de crédito debió haberse creado por $70.
La única manera de que tu nota de crédito se haya creado por la totalidad de la factura es si hubieran cancelado el pago aplicado y en ese caso, tu dinero no se fue a ningún lado, simplemente se cancelaron las afectaciones del pago.
Puedes dar clic derecho sobre tu factura y elegir la opción "Mapa de relaciones" con esta herramienta puedes darte una idea clara de lo que ha pasado con tu factura.
En espera de tus comentarios. Saludos.